Antropologlar sünnetin başlangıcı hakkında görüş birliğine varamamıştır. Sünnetin tarihini M.Ö. 15.000 yıllarındaki taş devrine kadar götürenler vardır. Ancak en eski kanıtlar 6.000 yıl öncesine aittir ve Antik Mısırda sünnetin uygulandığını göstermektedir. Bu döneme ait Mısırlıların ve Babillilerin sünnetli olduklarını gösteren tarihi belgeler ve mumyalar bulunmuştur.

Eski Ahit’te, doğumun sekizinci gününde dini sünnet uygulamasından bahseden bölümler vardır. Yeni Ahit’te ise sünnete yapılan çok sayıda atıf vardır.

İslam tarihi araştırmalarına göre sünnet, Hz. İbrahim’e kadar uzanır. Dünyada Musevilik ve İslam Dinlerinde yaygın olarak uygulanmaktadır.

Hastalıklara karşı koruma amacıyla, rutin yenidoğan sünnetinin yaygınlık kazanması 19. yüzyıla rastlar. Özellikle İngilizce konuşulan ülkelerde sünnet, kısa sürede kabul görmüştür.